Muchos de los animales e insectos que habitan nuestro municipio encuentran aquí su único nicho ecológico de supervivencia.
Al ser un espacio tan grande, existe una amplia variedad de hábitats que dan cobijo a muchas especies diferentes, algunas comunes en el resto de la geografía peninsular, otras más adaptadas y únicas en esta zona, otras migratorias y estacionales, y otras invasivas que se van acomodando a nuestro entorno. Al igual que pasa con la vegetación, dependiendo de la altitud a la que nos encontremos podremos encontrar unos animales u otros, siempre acorde con sus necesidades de alimentación, protección y desarrollo.
Como es bien conocido, la estrella entre los mamíferos más grandes de nuestra geografía es la cabra montés, especie endémica que tuvo que ser reintroducida ante su alarmante desaparición y que, felizmente, ahora vuelve a poblar nuestro territorio junto con familias de jabalíes, zorros, corzos y lobos. También tenemos mamíferos pequeños que no pasan desapercibidos y que contribuyen al mantenimiento perfecto de nuestro ecosistema, como varias especies de murciélagos y topillos, musarañas, ratones, conejos y liebres, la nutria, el erizo común, la ardilla roja, la comadreja, el tejón y la gineta.
Las aves en Manzanares El Real son un verdadero espectáculo, ya que su diversidad es realmente grande gracias a su mezcla de paisajes diferentes donde, por supuesto, destaca el Embalse de Santillana. Así, en las zonas más altas sobresalen las grandes rapaces y carroñeras, como el águila imperial ibérica, el águila real, el búho real, el buitre negro y el buitre leonado, que comparten espacio con otras de tamaño medio como el milano real, el milano negro, el azor, el halcón peregrino, el cuervo y el águila calzada. Las aves medianas y los pajarillos, tanto migratorios como permanentes, son los reyes de nuestro casco urbano y de las zonas silvestres bajas, donde podemos ver urracas, gorriones, aviones, golondrinas, vencejos, cornejas, codornices, perdices, carboneros, abubillas, alcaudones y herrerillos, por ejemplo. Y en el embalse encontramos, finalmente, un paraíso para los ornitólogos, donde las diferentes épocas del año ofrecen una enorme variedad de aves y pájaros que observar, como el tarro canelo, el ganso del Nilo, la cigüeña negra, la cigüeña blanca, varias especies de ánades y gaviotas, fochas comunes, zampullines, lavanderas, martines pescadores, cormoranes grandes y somormujos, entre otras especies.
Aunque no lo parezca, gracias al agua del río Manzanares, los múltiples arroyos, los manantiales naturales que brotan en nuestro término, y el Embalse de Santillana, los peces, anfibios y reptiles tienen un nicho ecológico de pervivencia perfecto. Algunas de las especies de peces que proliferan en estos parajes son la trucha común, la carpa, la lamprehuela, el cacho y el lucio, y entre los anfibios proliferan varias especies de sapos y ranas, algunas en proceso de recuperación como el sapo corredor. Los reptiles de nuestra comarca tienen un amplio espectro entre las especies de lagartijas y culebras, pero destacan especialmente el lagarto verdinegro, el lagarto ocelado, la lagartija serrana, la víbora hocicuda y el galápago europeo.
En el caso de los insectos, su capacidad de adaptación a nuestro medio los ha convertido en el grupo de mayor número de especies de la Sierra de Guadarrama. De hecho, se estima que el 35,5% de los insectos de la península ibérica se encuentran aquí. Esta increíble capacidad de supervivencia hace que, en Manzanares El Real, podamos encontrar más de 15.000 especies diferentes de invertebrados entre las que destacan el grupo de los efemerópteros, los saltamontes, las hormigas, las libélulas, más de 100 especies de mariposas y más de 1.000 especies de coleópteros.