La amplia extensión del Parque Regional de la Cuenca Alta del Manzanares hace que su diversidad geológica, edafológica, faunística y botánica sean realmente admirables. A pesar de tener un clima propio de la vertiente mediterránea, la vida que se desarrolla aquí es muy heterogénea y está adaptada a los diferentes hábitats que ofrece el entorno diverso en el que nos encontramos.
En el Parque Regional encontramos tres zonas marcadas, principalmente, por sus diferencias orográficas. Así, las zonas más elevadas destacan por sus formaciones graníticas y gneises, con vegetación acomodada a los suelos rocosos como líquenes, musgos, pastizales supra-arbóreos, enebros, piornales, arbustíferas frutales como la zarzamora, y aromáticas como el romero o la lavanda silvestre. La fauna en esta zona, también adaptada, se caracteriza por pequeños mamíferos que encuentran alimento suficiente en este entorno, así como refugio, a excepción de la cabra montés, perfectamente acomodada. El buitre negro y el buitre leonado son las grandes estrellas de la avifauna de esta zona, y una rica herpetofauna que encuentra en este nicho uno de los pocos lugares de supervivencia, como el lagarto ocelado o la lagartija serrana.
La zona de media altura del Parque Regional está ocupada por la Sierra del Hoyo, donde ya encontramos cercanía a núcleos poblacionales como Moralzarzal, Galapagar, Hoyo de Manzanares o Torrelodones. Esta demarcación se caracteriza por tener montañas menos elevadas y de contornos más suaves, con suelos más terrosos y ricos que la zona anterior, donde proliferan encinas, bosques de enebros, robledales, cipreses, pinares de montaña y de repoblación, alcornoques, y una amplia gama de vegetación mediterránea como la jara pringosa, el romero, el tomillo y la lavanda. Aquí aumenta la variedad de fauna cuyo alimento y refugio también está en los árboles, por lo que encontramos conejos, corzos, ardillas, comadrejas, gamos, ginetas, jabalíes y zorros, por ejemplo, así como aves de diferentes tamaños y hábitos, como el cuco, el picapinos, el águila real, el búho real, el águila calzada, el milano real, el azor o el cernícalo. La herpetofauna en esta zona también aumenta gracias a los humedales y charcas que forma, en nuestro caso, el río Manzanares, pudiendo ver víboras, culebras viperinas, sapos corredores o ranas patilargas.
La última zona, la más baja en su orografía, corresponde a las llanuras y valles bajos de la Sierra de Guadarrama, donde también se encuentran el monte de El Pardo y el de Viñuelas. Esta zona es, históricamente, la más afectada por la acción antrópica, ya que es la de menor altura, compuesta por suelos terrosos y limos de gran riqueza productiva, y mayor facilidad para la conducción del agua de los ríos. Esta acción ha creado paisajes únicos que hoy también forman parte del patrimonio natural y etnográfico del Parque Regional, como encinares adehesados y dehesas de fresnos que, actualmente, siguen estando en uso comunal para su explotación y mantenimiento. Esta vegetación convive con abedulares, sabinares y alcornocales, estepas, pastos, arbustos y humedales, toda una riqueza vegetal que da cobijo a la misma fauna que encontramos en la zona anterior, solo que de forma multiplicada y enriquecida por las aves acuáticas y los peces que habitan en los embalses de Santillana y El Pardo.